Der Magendarmtrakt von Kaninchen und Meerschweinchen ist sensibel und es können sich verschiedene Arten von Verdauungsproblemen manifestieren. Im Vergleich zu beispielsweise Hund und Katze hat er nur eine dünne Muskulatur, die den Futterbrei kaum selbstständig vorantreiben kann (Peristaltik). Nur durch permanente rohfaserreiche Ernährung, wird der Nahrungsbrei durch dem Magendarmtrakt geschoben. Wenn ein Tier – aus was für Gründen auch immer – schlecht oder nicht frisst, kann der Futterbrei nicht vorangeschoben werden und es kommt zu sog. Fehlgärungen. Der Magen und/oder Darm bläht sich auf, was den Tieren hochgradige Schmerzen bereitet. Im weiteren Verlauf kann der Darm auch absterben, Bakterien und Giftstoffe passieren die Darmschranke und das Tier kann versterben.
Daher ist es wichtig, dass bei gestörter Nahrungsaufnahme schnellst möglich ein Tierarzt aufgesucht wird, um eine zeitnahe Behandlung zu ermöglichen. Manchmal kann es auch durch eine übermäßige Fütterung von zuckerreichem Futter zu Fehlgärungen durch Hefen kommen. Einige Tiere bekommen wiederum in der Zeit des Fellwechsels Probleme mit der Verdauung durch Haarballen. Durch den verstärkten Fellausfall wird beim Putzen mehr Haare aufgenommen, die den Magendarmtrakt verstopfen können. Manchmal werden richtige „Haarsteine“ (Bezoare) gebildet, die – je nach Fall – operativ entfernt werden müssen. Auch vor Darmparasiten sind unsere kleinen Mitbewohner nicht gefeit, selbst wenn sie nur im Haus gehalten werden. Daher ist es bei Verdauungsproblemen wichtig, den Kot zu untersuchen.